Ametliku uurimise läbi viinud NISTi (U.S. National Institute of Standards and Technology) seisis mitmete põletavate probleemide ees. Kõik hooned olid niivõrd põhjalikult hävinud, et hoonete kokkukukkumise eelset seisundit oli pea võimatu taastada. 200st uurijast koosnev meeskond analüüsis 236 teraskonstruktsiooni jäänust, 7000 fotot ja 7000 videolõiku (150 tundi). Nad panid kirja kümneid tuhandeid lehekülgi järeldusi ja analüüsi ja intervjuusid rohkem kui 1000 inimesega, kes olid katastroofi hetkel kohapeal või olid seotud nende hoonete ehituse või hooldusega. Nad korraldasid laborikatseid võimsate tulekahjudega ja lõid nende põhjal erakordselt täpsed arvutimudelid hoonete seisukorra muutumisest, kirjutab Scientific American.

2005. aastal avaldatud lõppraporti kohaselt poleks isegi lennukiga kokkupõrke ja mitmele korrusele levinud ülimalt ägedate tulekahjude kombinatsioon pidanud kaksiktorne hukutama. Ometigi see nii juhtus. Õnnetuseks hävis kokkupõrke tagajärjel tulekindel insolatsioonimaterjal, mis kattis konstruktsioone, jättes metalli tule nõrgestava mõju eest kaitseta. Samuti ei töötanud veesprinklerid, sest kokkupõrge lõikas läbi veetorud. Ning WTC2 hoone varises WTC1-st kiiremini kokku, sest lennuk põhjustas selle konstruktsioonile suuremaid kahjusid. Arvestades seda, kui vähe aega jäi inimeste evakueerimiseks, võinuks inimohvrite arv olla palju suurem — kohal olnud 17 400st inimest võinuks hullemal juhul hukkuda 14 000, mitte 2749. 47korruseline WTC7 hoone varises kokku, kuigi sellesse lennuk ei lennanud. Asi oli selles, et WTC1 hoone jäänused kokkusid selle peale, põhjustades tulekahju. Ka siin ei hakanud sprinklerid tööle, sest veetrassid olid kaksiktornide kokkukukkumisest kahjustatud. Vett lihtsalt ei olnud. 2008. aasta WTC7 hoonet puudutavas lõppraportis järeldavad NISTi uurijad, et tulekahju kuumus põhjustas metallkonstruktsioonide paisumise, mis omakorda tekitas ootamatu konstruktsioonide nõrgenemise. Tulemuseks esmkordne teadaolev pilvelõhkuja kokkukukkumine tulekahju tõttu. NIST andis 31 soovitust, kuidas pilvelõhkujate turvalisust tulevikus tõsta. Pilvelõhkujatele esitatavad nõuded on nüüd märksa karmimad kui varem.

Kuid mitte kõik ei ole nende selgitustega rahul. On mitmeid ühiskondlike organisatsioone, nagu näiteks Visibility 9-11, Architects and Engineers for 9/11 Truth jpt., mis nimetavad neid otsesõnu valedeks ja konspiratsiooniks tõe varjamiseks.

Teadusajakiri ”Open Chemical Physics Journal” on avaldanud üheksa teadlase poolt läbiviidud uurimuse, millest järeldub, et Maailmakaubanduskeskuse hävitamiseks kasutati lõhkematerjali. Katastroofipaigalt leiti kummalisi kahekihilisi killukesi. Teaduslikul uurimisel selgus, et tegemist on tükkidega, mis sisaldavad üliefektiivset lõhkemata pommiainet. Uurijate arvates on tegemist lõhkematerjaliga, mida saab nagu värvikihti hoone seintele kanda. Uurimis rühma eesotsas on füüsik Steven E. Jones, kes kaotas pärast uurimistöö avaldamist professori koha ülikoolis.

9/11 kangelane William Rodriguez, kes aitas päästa sadu inimelusid ja oli viimane inimene, kes pilvelõhkjujatest eluga välja pääses, väidab, et 7-8 sekundit enne esimese lennuki sööstmist hoonesse kuulis ta keldrist tohutut kärgatust. 19 aastat WTC hooldemehena töötanud Rodrigueze sõnul toimus hoonetes mitu järjestikust plahvatust, neist esimene nii tugev, et põrutas ta õhku, järgmised toimusid aga mitte keldris, vaid kusagil üleval. Mehe kolleeg Felipe David sai põletada ja raskelt vigastada ühe järgneva plahvatuse tõttu, kui talle kukkus peale terve sein. Rodriguez on oma väiteid kinnitanud vande all 9/11 komisjoni ees. Pealtnägijate kummastavaid väiteid on teisigi: näiteks ütleb hooldemees John Mongello, et kuigi teise lennuki kokkupõrkeni oli jäänud 16 minutit, nägi ta, kuidas lõunatornis plahvatas lift. Ta kirjeldas ka põlenud ja haavatud inimeste nägemist.

2009. aasta jaanuaris tehti 9/11 komisjoni järeldused avalikuks, kuid Rodrigueze tunnistus oli seal salastatud. See on salastatud siiani.

Kuni avalikustamine pole täielik, jäävad 9/11 sündmused endiselt põhjustama ägedaid vaidlusi.