Ühenduste hinnangul tekitaks muudatus igale erakoolile keskmiselt kahju 117 750 eurot aastas.

„Olenevalt õppemaksu ja kooli suurusest on tegelikkuses kahjusumma erinev, kuid jämedalt väheneb erakoolide tulubaas eelnõu vastuvõtmisel kahekordselt. Seejuures tuleb arvestada, et erakoolide kulud ei vähene. Tegemist on ilmselgelt suure kahjuliku rahalise mõjuga, mis võib kaasa tuua erakoolide pankrotid, sest sellise tulu kaotust korvavad katteallikad puuduvad,“ seisab pöördumises, millele kirjutasid alla Ahto Orav (Eesti Eraüldhariduskoolide Ühendus), Meelis Sügis (Eesti Vabade Waldorfkoolide- ja lasteaedade Ühendus) ning Tarvo Siilaberg (Eesti Kristlike Erakoolide Liit). Nad ütlesid selgelt välja, et eelnõud ei tohi seadusena vastu võtta.

Jürgen Ligi kamraad Reformierakonnast, siseminister Hanno Pevkur tegi eelnõu kooskõlastamisel mitmeid märkusi seoses kristlike erakoolide, aga ka teiste maailmavaateliste (näiteks waldorfkoolide) õppeasutuste tegevusega. Pevkur hoiatas, et kui kohalik omavalitsus ei pea enam võimalikuks katta erakooli tegevuskulusid, võib see kaasa tuua järsu õppemaksu tõusu. Kristlikes koolides on nimelt õppemaksud madalad – näiteks Tartu Luterlikus Peetri Koolis 78 eurot kuus, Tallinna Toomkoolis 85 eurot kuus, Püha Johannese koolis 100 eurot kuus.

Rahandusminister Sven Sester juhtis eelnõud kooskõlastades tähelepanu asjaolule, et see võib kaasa vajaduse suurendada õppemakse, kuid erakool võib kahe õppeaasta vahel tõsta õppemaksu kuni kümme protsenti. Sellest ei pruugi jätkuda puudujäägi katmiseks. Sesteri retsept oli lihtne: „Teeme ettepaneku õppemaksu kasvu piiramise regulatsioon seadusest välja jätta. Kohaliku omavalitsuse üksus ja erakool saavad õppekoha tegevuskulu toetamisel kokku leppida õppemaksu suuruses.“

Haridusministeerium märgib erakooliseaduse muutmise eelnõu seletuskirjas, et Tšiili oli ainus riik, mis kasutas pikemat aega samasugust süsteemi nagu Eesti. „Kasumit taotlevatel erakooli pidajatel lubati lisaks avaliku sektori koolidega samas mahus finantseerimisele võtta ka õppemaksu ning selekteerida õpilasi. Selline hariduspoliitika tõi Tšiilis kaasa haridusliku kihistumise ning hariduse omandamisel sai määravaks õpilase sotsiaalmajanduslik staatus. 2000ndatel aastatel said Tšiilis alguse laiaulatuslikud protestilained ning süsteemist loobuti.“

Seletuskirja kohaselt tegutses 2014/2015 õppeaastal Eestis 46 erakooli kokku 5754 õpilasega, kes moodustasid 4 protsenti kõigist õpilastest.