Nii sattus Kristjan pärast kuut aastat Inglismaal elamist Tartu ülikooli matemaatika-informaatikateaduskonda assistendiks. Magistrikraadiga matemaatikas oleks võinud ta minna kuhu tahes, kuid Eesti kasuks rääkisid nii sõbrad, keel kui ka see, et arvutiteaduste instituut otsis värskete ideedega noori tegijaid. Kristjanil mõtteid jagus ning need võeti hästi vastu. Ta asus esimese kursuse informaatikatudengitele matemaatikat õpetama, samuti valiti ta instituudi nõukokku, seejärel ülikooli senatisse ja nõnda edasi. Ka meelitas ülikool doktorantuurikohtadega ja Kristjanist sai informaatika doktorant uues arvutusliku neuroteaduse töögrupis.