Kuigi Niguliste kanti Vabariigi Valitsuse 25. oktoobri 1993 määrusega riigi omandusse jääva vara nimekirja, tunnistati see nimekiri 1. aprilli 1997 määrusega kehtetuks. Vaidlused on käinud siiamaani. Volikogu arutab asja neljapäeval.

Eesti Evangeelse Luterliku Kiriku peapiiskop Andres Põder kirjutab linnavolikogule adresseeritud kirjas, et kirik ei saa tagastamata jätmisega nõustuda (loe originaaldokumenti pdf-kujul) ning kinnitab, et tagastamisel jätkub senine muuseumi- ja kontserditegevus. Samuti pakub kirik linnale pikaajalist koostöölepingut. Sama lähenemist katsetas ka Mustpeade Ordu oma maja tagasisaamiseks, kuid see ei läinud läbi.

Vaidlus käib hindamatute väärtuste üle:

Kirikus on säilinud sisustuse kõige väärikamad elemendid, mis olid II maailmasõja ajal evakueeritud. Keskaegsest sisustusest on säilinud ka osa II maailmasõja ajal kirikus paiknenud hansakunsti tippteoseid, nagu Herman Rode töökojast pärinev peaaltar (Lübeck, 1482), Bernt Notke „Surmatants"  fragment Lübecki Maarja kiriku hävinud „Surmatantsust", XV sajandi lõpp).

Püha Antoniuse kabelis eksponeeritav Lübeckist pärit Bernt Notke maal „Surmatants" (õigupoolest pikema maali algusfragment) kujutab elu möödapääsmatut kaduvust, nii vägevaid kui ka väeteid kaasa viivaid surmafiguure. Niguliste kirikus asub kunagisest kõiki keskaegseid seisusi kujutanud kuni 50 figuuriga maalitsüklist vaid algusosa, mis on tõenäoliselt 15. sajandi lõpul tehtud autorikordus 1463. aastal valminud analoogsest maalist Lübeckis.

Püha Antoniuse altar ehk Kannatusaltar valmis 16. sajandi algul Brügge kunstniku Adrian Isenbrandti loominguna. Eksponeeritavale altarile on hiljem teinud täiendusi ka Tallinnast pärit, kuid Euroopa õukondades kuulsuse saavutanud Michel Sittow.

Niguliste kiriku peaaltar on loodud Lübecki meistri Hermen Rode töökojas 1478-1481. Kahekordse kappaltari välistiibu kaunistavad Püha Nikolausi elu kujutavad maalid, keskosas ja avatud sisetiibadel paikneb nn pühakute galerii paarikümne värvilise puuskulptuuriga.

Sõjakeerises säilisid ka barokiaegsed epitaafid ja paljude teiste nikerduskunstide teosed, silmapaistev renessanss- ja barokklühtrite kogu ning Püha Antoniuse kabeli põrandat katvad 14.-17. sajandi hauaplaadid. Samuti asuvad Niguliste kirikus Maarja altar, mille on aastal 1495 loonud Lucia legendi meister, ning umbes 1490. aastal Jan Bormani nikerdatud altarite töökojas Brüsselis valminud Püha Hõimkonna altar (nn Brüsseli altar).

Alates 2002. aasta lõpust on külastajatele välja pandud ka unikaalne 350 aasta vanune eksponaat - puidust ehissein, mille Franz Hoppenstätt nikerdas aastal 1655 Bogislaus von Roseni hauakabelile.

Keskajal oli Niguliste kirikus kolm orelit, mis 1944. aastal sõja käigus hävisid. Uus orel, mille valmistas Tšehhoslovakkia firma Rieger-Kloss, seati üles 1981. aastal.

AJALUGU

1230. aasta paiku rändasid Tallinna orduvõimude kutsel üle Gotlandi saksa kaupmehed. Oletatavasti said nad enda kasutusse kinnistud tookordsest linnast lõuna pool, s.o nüüdsete Rüütli, Niguliste ja Harju tänava vahelisel alal. Kvartali edasist ilmet ja struktuuri hakkas olulise dominandina kujundama kaupmeeste ja meremeeste kaitsepühakule Nikolausile pühendatud Niguliste kirik.

Kuna linn ei olnud veel kaitsepiirdega ümbritsetud, oli Niguliste oma raskete riivpalkidega suletavate sissepääsude, piiluavade ja pelgupaikadega ühtlasi ka kaitsekirik. Pärast linnamüüri valmimist 14. sajandil kaotas kirik kaitsefunktsiooni ning muutus tavaliseks kogudusekirikuks. Kuna konkreetseid jälgi Tallinna teiste varasemate kirikute sarnasest kaitsefunktsioonist siiani leitud pole, kuulub Tallinna keskaegses ehituspärandis seni ainsale kaitsekiriku tunnustega Nigulistele tähtis koht. Eelkõige kasutati kirikut siiski kaubalaona, kaitseülesandeid täitis ta vaid erandjuhtudel.

Unikaalne keskaegne pühakoda on üks Eesti sakraalarhitektuuri vaieldamatuid tippteoseid. Võib liialdamata öelda, et kirik kuulub üle-euroopalise tähtsusega arhitektuurimälestiste hulka.

Eesti kontekstis on tegemist erakordselt suure ja basilikaalse ruumivormi tõttu Läänemere piirkonna selle ajastu linnakirikute seas ka üsna harukordse (kogudusekirikud linnades olid pigem kodakirikud) hoonega. Pidulik-üleva arhitektuurikeele ja võimsa ruumimõju poolest meenutab see pigem piiskoplikku katedraali, andes tunnistust eduka hansalinna kaupmeeste jõukusest ja ambitsioonikusest. Tallinna keskaegses sakraalarhitektuuris on kirikuhoone mastaabilt ja ehitustüübilt täiesti erandlik. Samas seob teda Tallinna ülejäänud gooti pärandiga kohalikust ehitustraditsioonist lähtuv detailikasutus. Kiriku ehituslugu on erakordselt keerukas, selle ruumivormi ja suurust on korduvalt muudetud. Igast ümberehitusjärgust on säilinud põnevaid ehituse osi, interjöörielemente, raid-detaile jpm.

Aastatel 1405-1420 algasid Niguliste kirikus suured ümberehitustööd, millega pikihoonele ja koorile anti üldjoontes tänini säilinud ruumivorm ja arhitektuurne ilme.

15. sajandi lõpus laiendati senine Matteuse kabel praeguseni säilinud neljavõlvikuliseks Antoniuse kabeliks. 17.-18. sajandil põhjaküljele lisatud külgkabelid ja eeskoda esindavad valdavalt barokkstiili. Kooriosa ehitati 19. sajandi keskel enam-vähem uuesti, sest see oli muutunud varisemisohtlikuks. Tornikiivri üldkuju pärineb torni suurest rekonstrueerimisest 17. sajandi lõpus.

1944. aasta 9. märtsi ööl, mil Nõukogude lennukid Tallinna pommitasid, sai kirik ja ümbruses paiknenud hoonestik rängalt kannatada. Tulekahjus hävis tornikiiver ja põles maha katus ning kirikusse tunginud leekides hävis orel koos vääride ning pingistitega ja kaduma läks suurem osa ajaloolisest sisustusest.

Kuigi juba 1949. aastal astuti esimesed sammud Niguliste kiriku taastamiseks, varises enamik pikihoone ja osaliselt ka koori võlve koos kõrgseinte ja piilaritega kokku. Varingust jäid puutumata Püha Antoniuse kabel, käärkamber ja teised juurdeehitised pikihoone põhjaküljel.

Aastatel 1953-1984 toimusid Niguliste kirikus laiaulatuslikud restaureerimistööd. Suur osa varisenud hoonest ehitati uuesti üles, muuhulgas taastati enamik pikihoone piilareid ja võlvid. Täiesti uuena lisati maa-alune garderoobiosa. Kirik kohaldati muuseumiks-kontserdisaaliks, mis avati 26. oktoobril 1984 piduliku aktusega.

Restaureerimistöödega seoses tehti ka erakordselt põhjalikud väliuurimistööd, mistõttu on Niguliste kirik üks paremini uuritud keskaegseid ehitisi Eestis. Restaureerimistööde käigus, 1982. aastal süttis vast taastatud tornikiiver segastel asjaoludel ja hävis. See taastati kõigi toonaste restaureerimisorganisatsioonide ühiste jõupingutustega. Ka Antoniuse kabel sai 1982. aasta tulekahjus märkimisväärselt kannatada, kuid ka see taastati hiljem.

Kasutatud kultuuriväärtuste ameti andmeid