Haridus- ja Teadusministeeriumi teatel on eesmärgiks erikooli suunatud õpilaste õppe- ja elutingimuste parandamine ning õpilaste vajadustele vastava ja turvalise kasvatustegevuse korraldamine, kuid Puiatu Erikoolis on see kujunenud suureks probleemiks.

Lisaks on Puiatu Erikoolil raske leida kvalifitseeritud pedagooge, mistõttu mitmed erikooli jaoks olulisi tugiteenuseid osutavad ametikohad on täitmata ja osa õpilastele vajalikest tugiteenustest on rakendamata.

Õiguskantsler on mitmel korral välja toonud, et Puiatu Erikoolis on õpilasi, kelle õppetöö korraldamiseks oleks sobivam koht mõnes hariduslike erivajadustega laste koolis. Ümberkorralduse käigus antakse täiendav hinnang iga õpilase vajadustele ning korraldatakse õppetöö jätkamine sobivas õppeasutuses. Puiatu Erikooli õpilased, kes vajavad kasvatuse eritingimusi, viiakse üle Tapa Erikooli. Viljandi piirkonna põhikoolide ja kutseõppeasutuste baasil kavandatakse klasse kasvatusraskustega õpilastele, kuhu edaspidi on võimalik suunata piirkonna kasvatusraskustega õpilasi.

Pärast Puiatu Erikooli tegevuse lõpetamist jääb Eestisse kaks erikooli: Tapa Erikool poistele ja Kaagvere Erikool tüdrukutele. Kõik ressursid suunatakse nimetatud õppeasutustesse, et tagada õpilastele turvaline õppe- ja kasvukeskkond ning vajalikud teenused.