Eesti Vabariik võttis Pagari tänava maja oma kasutusse juba 1918. aasta detsembris, kui sinna kolis Eesti sõjavägede operatiivstaap. Kogu Eesti aja vältel asusidki Pagari tänaval sõjavägede staap ja sõjaministeerium. Sõjaministrina on seal töötanud ka president Konstantin Päts, maja neljandal korrusel aga asus Sõjavägede ülemjuhataja kindral Johan Laidoneri kabinet.

Oktoobris 1940 kolis Pagari tänava majja NKVD. Algas hirmsaim ajajärk Pagari 1 ajaloos, mil majast sai hirmu ja õuduste sünonüüm. Siia toodi arreteerituid, kellest paljud kadusid jäljetult. Nende ülekuulamised toimusid koos jõhkra peksuga. „Üks jubeda näoga mongol hoidis mu käsi tooli taga kinni, kuna ülekuulaja hakkas peksma rusikatega vastu kaela ja kuklasse. Olles juba uimaseks pekstud, löödi mind nägupidi vastu põrandat ja taoti jalgadega,“ jutustas 1941. aastal üks eluga pääsenu.