See vana Šveitsi rahvusroog pärineb algupäraselt 18. sajandist Alpide mägiküladest, kus lumevangis mägikülaelanikud valmistasid toitu sellest, mida kodus veel leidus.

Juustu ja veini oli igas Šveitsi majapidamises ning algne fondüü sellest koosneski. Kuivama kippuv juust sulatati caquelon’is ehk kuumakindlas savipotis. Juustule lisati kohalikke maitseaineid ja veini. Traditsioonilised fondüüjuustud Gruyère, Emmental ja Appenzeller on samuti Šveitsi Alpidest pärit.

Juustufondüü sisse võib kasta krõbeda koorikuga saia või leivatükikesi, tillukesi marineeritud
kurke ja pärlsibulaid, tumedaid viinamarju, šampinjone ja kirsstomateid. Valge kuiv vein lisab maitset ning kaitseb juustusegu kõrbemise ja kokkukleepumise eest. Veini võib asendada ka kirsiviina (kirch) või -brändiga (cherry brandy). Küüslauguga võimendatakse juustukastme maitset, väike kogus tärklist aga muudab segu püsivamaks. Fondüü valmistamiseks on kõige mugavam kasutada spetsiaalset fondüünõud, mille juurde kuulub ka soojendusalus ning mis hoiab fondüü laual soojana ja takistab juustusegu tahkeks muutumist. Tavaliselt kuuluvad komplekti ka pika varrega fondüükahvlid. Iga sööja valmistab oma suupiste ise, torgates oma saiatükki või muud toiduainet fondüükahvli otsas kuuma juustukastmesse. Sobib ka toores liha või kala, vorstid ja aedviljad, mis lõigatakse fondüü tarvis väikesteks kuubikuteks, köögiviljad keedetakse enne poolpehmeks.

Soolaste fondüüsuupistete lisandiks sobivad toorsalatid, keedetud köögiviljad, vürtsikad kastmed ja värskete ürtidega kohupiimakastmed.

Fondüü valmistamiseks kõlbab ka piisavalt suur ja paksupõhjaline keedunõu, mis jagab kuumust ühtlaselt ja säilitab seda kaua. Fondüüsegu püsib laual kuumana või tasakesi keevana metallrestil kas piirituslambi kohal või kahe-kolme teeküünla kuumuses.