Esimese taasiseseisvumisjärgse kaitseministrina nimetas ülemnõukogu Ülo Uluotsa ametisse alles juunis. Eesti Ohvitseride Liidu juhatus oli omapoolse võimaliku ministrikandidaadina nimetanud ajaloolast ja hilisemat riigikogu riigikaitsekomisjoni esimeest Rein Helmet.

Helme üllitas paar päeva enne kaitseministeeriumi ametlikku asutamist Päevalehes artikli, kus ta osutas, et kaitseväe loomine kulgeb liiga aeglaselt. Selle ühe põhjusena nägi ta “pahaloomulist patsifismi”, mis oli tingitud hiljutisest protestist Nõukogude armees teenimise vastu.

Helme pidas tarvilikuks rahvusliku julgeoleku kontseptsiooni loomist. Sõnastada välispoliitika orientatsioon, pidada oluliseks integreerumist Lääne-Euroopa julgeolekustruktuuridesse, teha koostööd Läti, Leedu ja Põhjamaadega.

Loodavasse kaitseministeeriumisse pidanuks tema arvates kuuluma ka peastaap, varustusvalitsus, kaitseväe tervishoiuvalitsus, kaitseväe prokuratuur, poliitiline osakond ja sotsiaalosakond. Kaitseministeeriumi ametnikena nägi ta tsiviilisikuid ja tulevase kaitseministrina “kodueestlasest tsivilisti”, kes poleks sõltuvuses ühestki poliitilisest jõust, tollasest võimust ega tööst ülemnõukogus. Helme ise vastas nendele tingimustele kenasti.

Põhimääruse järgi oli kaitseministeerium “riigivalitsemise keskorgan, mis viib ellu vabariigi kaitsepoliitikat”. Algas selle kui riigiasutuse loomine – hakati tööle võtma inimesi, sisustama ruume ja hankima side- ja transpordivahendeid.

Vast loodud asutuse ees seisvaid probleeme iseloomustab ilmekalt kaitseminister Ülo Uluotsa allkirjastatud dokument, nn 14 küsimust. See tõstatas parajasti päevakajaliste küsimuste kõrval ka põhimõttelisi riigikaitselisi küsimusi, millest osa – näiteks mobilisatsiooniplaan – jäi veel pikaks ajaks lahendamata. Küsimused olid adressaadita ja paberil puudus kuupäev, kuid ilmselt oli tegu ministriks oleku esimestel nädalatel ministeeriumi ametnikele koostatud küsimustega. Kas neile sai ka vastatud, pole teada. Igatahes näitab paber esimese kaitseministri soovi asjadele süsteemselt läheneda.

Neli kuud hiljem jättis Uluots oma mantlipärijale Hain Rebasele poliitilise testamendi. See andis ülevaate asjade seisust, nimetades Eesti kaitsekontseptsiooniks “elu võimalikkuse loomise kaitseväes”, ja markeeris järgmist kümnendit iseloomustanud konflikti riigikaitse juhtimisel, kus kaitseväele ja kaitseliidule saab kaitseminister esitada vaid palveid, mitte anda käske. Selle leevendamiseks pidas minister oluliseks vastu võtta rahuaja riigikaitse seadus. Ajateenistusega seonduvalt nimetas ta sellest kõrvalehoidmise tagajärgede reguleerimatust, ajateenijate sotsiaalset kindlustamatust ja tasuta sõiduõiguse puudumist ühistranspordis.

Sõduritele talveks soojade riiete hankimiseks sõlmis kaitseministeerium Eesti Naisliiduga lepingu 800 kampsuni, soki- ja kindapaari kudumiseks. Ministeeriumi eelarve 1992. aasta teisel poolaastal oli 42 miljonit krooni, põhilise poliitilise ülesandena nägi Uluots kaitseotstarbeliste vahendite suurendamist riigieelarvest. Vastasel juhul ei pidanud ta kaitseväe teket lähiaastatel võimalikukski.

Ministeeriumi algusaegadel tegeles 25 ministeeriumiametnikust umbes kolmandik Vene vägedest maha jäänud objektide ülevõtmise ja arvestusega. Sisuliste riigikaitseliste küsimustega, nagu infrastruktuuri loomine, varustushanked, välissuhted ja kaitsepoliitika, oli hõivatud vaid umbes kümme ametnikku. Laiem kontseptuaalne vaade esialgu puudus.

Piiratud inim- ja rahaliste ressursside, teadmiste ja kogemuste juures püüti tegeleda kõigega, mis tundus oluline. Žongleeriti arvudega: näiteks toonane ministeeriumi juhtivametnik Elmo Priks arvas, et Eestil peaks olema 54 tanki, 20 lennukit, 6 suuremat sõjalaeva ja ligi 100 soomusmasinat.

Oktoobris 1992 ametisse asunud Mart Laari valitsuse kaitseminister Rebas püüdis läheneda asjale süsteemselt, luua kaitsedoktriini ja tegevusplaane, rõhutades seejuures totaalkaitse koordineerimise vajadust. Rebas ärgitas erakondi riigikaitses kaasa mõtlema, tehes neile ettepaneku esitada oma versioon kaitsekontseptsioonist. Ent need ei võtnud vedu.

Riigikaitse põhialustele püüdis Rebas saada Riigikogus heakskiitu märtsis 1993, paraku jäi dokument vastu võtmata. Jaan Krossi poolt toimetatud dokumendiprojekt kätkes endas koostööd NATOga ja riigikaitse aluspõhimõttena rõhutati totaalkaitset.

Riigikaitse rahastajana nähti lisaks riigieelarvele ka riigikaitse fondi, mis saanuks tulu annetustest, kaitseministeeriumi rendituludest, varade müügist ja muudest allikatest. Nii selles kui ka järgmistes riigikaitset mõtestada püüdvates dokumentides andsid tooni Ants Laaneotsa visioonid ja Enn Tupi töö.

Enn Tupi ministriajal 1994. aastal koostati ministeeriumi esimese sülearvutiga kaitsejõudude arengukava aastateks 1995–1997. Edaspidi pidid valmima konkreetsed, selgete eesmärkidega perioodilised kavad. Sõjaaja lahinguüksustes pidi olema 20 000 – 25 000 meest, maakaitseüksustes 25 000 meest. Kõlas ettepanek fikseerida kaitsekulude osa eelarves.

Selles ja kõikides tolle aja visioonides kajastus Eesti riigikaitse soovunelmate maksimum. Alates 100 000 mehelisest sõjaaegsest armeest kuni reaktiivlennukite ostuni välja. Eesmärke ei kõrvutatud reaalsete rahaliste võimalustega.

Ka Tupi ametiajal koostatud, seni mahukaim riigikaitset analüüsiv ja eesmärgistav dokument jäi ametlikult heaks kiitmata.

1995. aasta valimiste eel olevat käinud Koonderakonna ja Maarahva Ühenduse kaitseministrikandidaat Andrus Öövel ringi suure kaustaga, milles sisaldus tulevane kaitsekontseptsioon.

Mais 1996 kiideti Riigikogus heaks Eesti kaitsepoliitika põhisuunad, mis sisaldasid siiski pigem ministeeriumis välja töötatud varasemate sarnaste algatuste sünergiat.

Eesti kontaktid NATOga olid esiti kesised, sest polnud sidemeid ega kogemusi. Puudus ka sobilik koostöömudel, see tekkis 1994. aastal rahupartnerlusprogrammiga. Esialgu olid olulised pigem poliitilised kontaktid: osaleti Põhja-Atlandi Koostöönõukogu ja Põhja-Atlandi Parlamentaarse Assamblee töös, toimusid esimesed visiidid.

Ometi teatas juba 1991. aastal Põhja-Atlandi Assamblee Madridi istungjärgult saabunud Ülo Nugis, et Eesti peab võimalikult kiiresti ühinema NATOga, mis kõlas väga utoopiliselt.

Veel 1995. aasta alguses päris USA abiriigisekretär Richard Holbrooke ühel lennureisil Jüri Luigelt, kas meil on ikka NATO-plaaniga tõsi taga. Välisminister Luik, kes oli vahepeal jõudnud ka kaitseminister olla, rõhutas NATOga liitumise esmatähtsust kolme Balti riigi jaoks. Muide, Eesti jõudis Balti riikidest kaitseministeeriumi loomiseni kõige hiljem. Leedus toimis see juba enne enne taasiseseisvumist, aprillis 1990.

Kokkuvõttes oli kaitseministeeriumi ja kogu riigikaitse esimene viisaastak kui üks seiklusfilm – nägime kirge, suuri isiksusi ja suurt teotahet. Mis siis, et kohe tulemusteni ei jõutud, riigikaitseline mõte arenes vaikselt kogu aeg edasi.